El 14 de febrero de 1863 llega por primera vez el tren a La Cruz, en donde la estación ya construida en esa época era una imitación del estilo arquitectónico de Devon en Inglaterra. La estación contaba con bodegas para almacenar bienes producidos por los fundos de La PalmiLla y Pocochay, o las que llegaban desde Santiago o Valparaíso para la comuna. La estación también fue conocida como «La estación de las flores», ya que dos o tres vagones se colmaban diariamente con verduras o flores que serían posteriormente vendidas en Santiago o Valparaíso.
Se demoraba cerca de 4 horas el trayecto entre la Estación Mapocho hasta La Cruz. La estación fue suprimida el 31 de diciembre de 1979.
La torre de comando de la estación fue destruida en la década de 1990. Se anunció a la comunidad que dejarían de transitar ferrocarriles de transporte de pasajeros en 1991; solamente las vías se utilizarán para transporte de trenes de carga, como los de la Minera Andina hasta La Refinería de Cobre de Ventanas.
Actualmente los servicios de pasajeros ya no operan, aunque el edificio que albergó la estación, aún existe, siendo ocupado como casa habitación en su planta baja, mientras que las vías secundarias fueron levantadas.
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