La Estación Puerto Varas fue inaugurada en 1913 y se ubica cerca del lago Llanquihue, frente al Gran Hotel y el ex Casino de la ciudad. Fue terminal de la Línea Longitudinal Sur desde 1994, tras la suspensión del servicio hasta Puerto Montt, y dejó de operar en 2007.
En 2005, fue remodelada para el servicio Victoria–Puerto Montt, pero este fue suspendido dos años después. Entre 2011 y 2016, albergó la Biblioteca Municipal Paul Harris. En 2023, fue restaurada como parte del proyecto Parque Estación Puerto Varas, impulsado por la Fundación Parque Sur.
La estación reabrió el 22 de abril de 2025 como parte del servicio Llanquihue–Puerto Montt, marcando su retorno al sistema ferroviario nacional. Su historia está profundamente ligada al desarrollo turístico y urbano de la ciudad, y su recuperación representa un ejemplo de revitalización patrimonial con enfoque comunitario.
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